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二、UCSC可以干什么. UCSC建立的初衷是为了更好的呈现基因组数据,方便人们查看与研究。因此在呈现基因组碱基序列的同时,也结合了注释信息,例如known genes, predicted genes, ESTs, mRNAs, CpG islands, assembly gaps and coverage, chromosomal bands, mouse homologies等等。 注意!hg19基因组大小是3G,压缩后八九百兆,如果你下载到的参考基因组大小远偏离这个范围,那么肯定出问题了。 二、GTF文件下载的各个版本. 如果要下载GTF注释文件,基因组版本尤为重要。有以下多个版本: NCBI:最新版(hg38) 第1章 生物信息学概述 .pdf 第2章 核酸蛋白质序列数据库资源.pdf 第3章 序列比较与相似序列搜索.pdf 第4章基因组结构注释.pdf 第5章 蛋白质序列分析.pdf 第6章 蛋白质结构及其分析预测 .pdf 第7章 DNA 微阵列基因表达数据分析 .pdf 第8章 蛋白质组数据分析 .pdf 第9章 蛋白质相互作用 .pdf 第10章 分子系统发育 UCSC Genome Browser on Human Dec. 2013 (GRCh38/hg38) Assembly move zoom in zoom out . chrX:15,560,138-15,602,945 42,808 bp. move start : Click on a feature for 在生物学仪器制造领域,跟Thermo,Life等拥有几十年历史的公司相比,1998年起源于加州圣地亚哥的Illumina显然还是个年轻小伙。 从1999年25个人的规模、130万美元的年营业额,到2013年超过3200人的规模、14.21亿美元的年营业额。

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2)gtf文件中碱基位置定位方式是 1-based ,而bed中碱基定位方式是 0-based ,如下图所示。 bed文件每一行对应信息; 必须包含的3列信息: 1)chrom:染色体名字 (e.g.chr3, chrY, chr2_random或者scaffold10671)。 2)chromStart:基因在染色体或scaffold上的起始位置(0-based)。 UCSC提供的Genome Browser工具非常好用,可以很方便的浏览我们的测序数据在参考基因组的比对情况,由于定义好了一系列track的文件格式,用户可以非常方便的上传自己的track文件,但是如果用户超过48小时没有浏览自己的数据,UCSC会默认删除掉这些数据, 除非 Update/fix UCSC GTF file. GTF files from UCSC Table Browser use RefSeq (NM* ids) for both gene_id and transcript_id which may not be compatible for some programs (eg. counting by genes using HTSeq) Some Refseq gtf files (such as for the hg19, hg18, mm9, and dm3 assemblies) are in /nfs/genomes/, under gtf/ in each species folder.

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